Firefox vous permet de choisir l'emplacement auquel seront enregistrés les fichiers téléchargés depuis le navigateur (lorsque vous choisissez "Enregistrer le fichier" ou "Enregistrer sur le disque"). Par défaut cet emplacement est le Bureau, mais vous pouvez définir celui que vous souhaitez, comme un dossier spécifique.

Dans le navigateur, cliquez sur "Outils" puis "Options".

Dans la fenêtre intitulée "Options" (qui vient de s'ouvrir) sélectionnez l'onglet "Général". On distingue 3 parties dans cet onglet.
Dans la partie "Téléchargements": commencez par cocher, si ce n'est déjà fait "Enregistrer les fichiers dans" puis cliquez sur le bouton "Parcourir..." à droite de cette case.

Vous accédez à l'arborescence de votre disque dur. A vous de choisir maintenant l'emplacement auquel vous souhaitez que vos fichiers soient enregistrés. Sélectionnez un dossier (un clic) et confirmez en cliquant sur OK.

Pour plus de clarté il serait judicieux de créer un dossier spécifique qui sera destiné uniquement à vos fichiers téléchargés sur Internet.